Nederland en Japan onderhielden in het jaar 2000 vierhonderd jaar betrekkingen; in dat jaar vond een uitgebreide viering van dit feit plaats. Hoewel veel contacten in multilateraal kader plaatsvinden (VN, WTO, OESO e.d.) was de manifestatie bij uitstek een gelegenheid om de bilaterale betrekkingen aan te halen.

Nederland staat in Japan op een bijzondere manier op de kaart door de aanwezigheid van "Huis Ten Bosch", een groot Japans themapark over. In het themapark bevinden zich veel nagebouwde Nederlandse historische gebouwen, waarvan de replica van Paleis Huis ten Bosch het belangrijkste is. De beschildering van de koepel door de kunstenaar Rob Scholte voegt aan de historische elementen een indrukwekkend eigentijds en kunstzinnig element toe.

Binnen Japan is een Nederlandse bank de langst aanwezige en de grootste van de buitenlandse banken.

Binnen de betrekkingen speelt de geschiedenis van de Tweede Wereldoorlog een rol. De kwestie van de Japanse ereschulden en dwangprostitutie in voormalig Nederlands-Indië staan daarbij voorop.